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（1）一種微生物具有提供植物營養功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物質的基因）。要實行基因轉移十分困難，還要巨大的投資；

（2）土壤污染物種類很多，現已有105種以上的物質對環境造成了污染。這些污染物結構和化學成分各不相同，所以不可能用105種微生物混合一起來做成制劑。基因轉移更難以達到；

（3）生物殺蟲劑和生物除莠劑等的原理和菌種差異十分巨大，原則上為一菌一種用途。所以只能制成單一的菌劑。而且發揮作用的時間較長；

（4）生物肥料中的菌劑有些不是典型的土壤微生物，當其制成菌劑施入土壤后難以成活，而且在使用前通常也只能保持3個月的貨架期。